১. রাদারফোর্ডের মডেলটি পরমাণুতে বর্ণালী সম্পর্কে কোন ধারণা দিতে পারে না।

২. গ্রহসমূহ সামগ্রিকভাবে চার্জবিহীন। কিন্তু ক্ষুদ্র কণা বিশিষ্ট ইলেকট্রনগুলি ঋণাত্মক চার্জিত হওয়ায় সৌরজগতের সঙ্গে পরমাণু মডেলের তুলনা করা অযৌক্তিক।

৩. ম্যাক্সওয়েলের ধারণা অনুযায়ী কোন চার্জিত কণা বৃত্তাকার পথে ঘুরতে থাকলে তা ক্রমাগত শক্তি বিকিরণ করবে এবং তার কক্ষপথ ধীরে ধীরে কমতে থাকবে। 

৪. রাদারফোর্ডের পরমাণু মডেলটি শুধুমাত্র হাইড্রোজেন বা হাইড্রোজেন সদৃশ অর্থাৎ এক ইলেকট্রন বিশিষ্ট (যেমন – ₁H, ₂He+, ₃Li²+, ₄Be³+ ইত্যাদি) পরমাণু ক্ষেত্রে ব্যাখ্যা করা গেলেও বহু ইলেকট্রন পরমাণুতে কিভাবে অবস্থান করবে তার কোন ব্যাখ্যা এ মডেল দিতে পারেনা।

৫. রাদারফোর্ডের পরমাণু মডেল আবর্তনশীল ইলেকট্রনের কক্ষপথের আকার ও আকৃতি সম্পর্কে কোন ধারণা দিতে পারেনা।