মুক্ত শিক্ষার সুবিধার পাশাপাশি বেশ কিছু অসুবিধাও লক্ষ করা যায়। এর মধ্যে উল্লেখযােগ্য হল一
(১) মডিউল প্রস্তুতকারী অভিজ্ঞ ব্যক্তিদের অভাব: মুক্ত শিক্ষার অন্যতম সমস্যা হল ‘স্টাডি মেটিরিয়াল প্রস্তুত করার জন্য যােগ্য ব্যক্তির অভাব। এই ধরনের মেটিরিয়াল’ প্রস্তুত করার জন্য যে প্রশিক্ষণের প্রয়ােজন তার কোনাে ব্যবস্থা নেই।
(২) অনুবাদজনিত অসুবিধা: মুক্ত শিক্ষার বিষয়বস্তু বিভিন্ন আঞ্চলিক ভাষায় রচনা করা প্রয়ােজন। আঞ্চলিক ভাষায় অনুবাদের জন্য যে জনসম্পদের প্রয়ােজন তার অভাব দেখা যায়।
(৩) ডাকবিডাগের সঙ্গে সমন্বয়জনিত অসুবিধা: মুক্ত শিক্ষার ‘স্টাডি মেটিরিয়াল’ মূলত ডাকযােগে শিক্ষার্থীদের নিকট পাঠানাে হয়। ডাক বিভাগের তৎপরতার অভাবে সঠিক সময়ে শিক্ষার্থীদের নিকট স্টাডি মেটিরিয়াল’ পোঁছােয় না৷ অধিকাংশ শিক্ষার্থীরাই এই অভিযােগ করেন।
(৪) শিক্ষার্থীদের পরামর্শজনিত অসুবিধা: মুক্ত শিক্ষায় যে পরামর্শ দেওয়া হয় তা অনেকের কাছেই কঠিন বলে মনে হয়। তাই পরামর্শদাতাকে শিক্ষার্থীর মেধা এবং অভিজ্ঞতা বিচার করে পরামর্শ দেওয়া প্রয়ােজন।
(৫) নিয়ন্ত্রণজনিত অসুবিধা: মুক্ত শিক্ষাব্যবস্থার সাফল্য নির্ভর করে প্রধানত দুটি গুরুত্বপূর্ণ বিষয়ের ওপর। একটি হল নিয়মিত পঠন এবং অন্যটি হল শিক্ষার্থীর বিশেষ ধরনের উত্তরপত্র (Assignment) লেখা। এগুলির ওপর প্রত্যক্ষ নিয়ন্ত্রণ না থাকার জন্য অনেকক্ষেত্রেই এই দুটি বিষয় অবহেলিত হয়।
(৬) গ্রহণযোগ্যতা কম: প্রথাগত শিক্ষার বিকল্প হিসেবে মুক্ত শিক্ষা এখনও জনমানসে সম্পূর্ণ গ্রহণযােগ্যতা অর্জন করতে পারেনি।
(৭) প্রশিক্ষণপ্রাপ্ত কর্মীর অভাব: মুক্ত শিক্ষার বেশিরভাগ কর্মীরা প্রথাগত শিক্ষায় শিক্ষিত। মুক্ত শিক্ষার বৈশিষ্ট্য এবং তাদের ধারা সম্পর্কে তারা অনভিজ্ঞ। তাই মুক্ত শিক্ষাকে সফল করতে করণীয়গুলি তারা বুঝতে পারে না।
(৮) ব্যাবহারিক শিক্ষার অভাব: যে সমস্ত বিষয়ে ব্যাবহারিক কাজ (Practical Work) আছে (যেমন বিজ্ঞান, ভূগােল। ইত্যাদি) সেই বিষয় অধ্যয়নে ব্যাবহারিক কাজগুলি। কোনােরকমে শেষ করা হয়। ফলে শিক্ষার্থীরা ব্যাবহারিক কাজগুলি ভালভাবে আরও করতে পারে না।
(৯) সত্র-শিক্ষক সম্পর্কের অভাব: প্রথাগত শিক্ষাব্যবস্থায় ছাত্র ও শিক্ষকের নিয়মিত মুখােমুখি সাক্ষাতের ফলে শিক্ষক ও শিক্ষার্থীদের মধ্যে যে শ্রদ্ধা, ভালােবাসা ও স্নেহের সম্পর্ক গড়ে ওঠে তা মুক্ত শিক্ষায় সম্ভব নয়। তা ছাড়া শিক্ষকের জ্ঞান ও পাণ্ডিত্য শিক্ষার্থীদের মধ্যে যে অনুভূতি গড়ে তােলে তা মুক্ত শিক্ষায় সম্ভব নয়।