সর্বশিক্ষা অভিযানের প্রকল্প বাস্তবায়িত করার ক্ষেত্রে সমস্যাগুলি হল-

(১) পরিকাঠামোগত সমস্যা: এই প্রকল্প সফল করার ক্ষেত্রে অন্যতম সমস্যা হল, উপযুক্ত পরিকাঠামাের অভাবে এই প্রকল্প দীর্ঘায়িত হচ্ছে, সুতরাং লক্ষ্যে পৌঁছানো সম্ভব হচ্ছে না।

(২) অপ্রয়োজনীয় ব্যয়বাহুল্য : এই প্রকল্পে বড় অঙ্কের টাকা এলেও সেই অর্থ উপযুক্ত জায়গায় পরিকল্পনা করে ব্যবহৃত হচ্ছে না। ফলে অপ্রয়োজনীয় ব্যয় বাহুল্যের জন্য প্রকল্পের প্রকৃত উদ্দেশ্য ব্যাহত হচ্ছে।

(৩) আর্থসামাজিক অবস্থা : দারিদ্র্যের কারণে আমাদের দেশের বহু অভিভাবক এখনও পর্যন্ত তাদের ছেলেমেয়েদের এই সুযােগ নিতে বিদ্যালয়ে পাঠাতে পারছেন না।

(৪) মানসিকতার অভাব : আমাদের দেশের একটা বড়াে অংশের মানুষ নিরক্ষর হওয়ায় তারা তাদের ছেলেমেয়েদের পড়াশােনার ব্যাপারে সচেতন নয় এবং নানারকম ধর্মীয় গোঁড়ামি, কুসংস্কারের ফলে শিক্ষা তাদের কাছে অর্থহীন। বিশেষত অভিভাবকেরা মেয়েদের বিদ্যালয়ে পাঠাতে চায় না।

(৫) সমন্বয়ের অভাব : এই প্রকল্পের সঙ্গে যুক্ত বিভিন্ন সংস্থার মধ্যে সমন্বয়ের অভাবে প্রকল্পের কাজ ব্যাহত হচ্ছে।

সর্বশিক্ষা অভিযানের সমস্যাগুলি সমাধানের জন্য যেসব পদক্ষেপ নেওয়া উচিত-

(১) মিড-ডে-মিলের সুষ্ঠু ব্যবস্থা : আমাদের দেশের বহু মানুষ এখনও দারিদ্র্যসীমার নীচে বসবাস করে দুবেলা পেট ভরে খেতে পায় না। তাদের ছেলেমেয়েরাও অপুষ্টিতে ভোগে। শুধুমাত্র মিড-ডে-মিলের লােভে অনেক ছেলে মেয়ে বিদ্যালয়ে আসে। তাই শিক্ষার্থীদের জন্য পুষ্টিকর মিড-ডে-মিলের সঠিক ব্যবস্থা প্রয়ােজন।

(২) উপযুক্ত পরিকাঠামাে : এই প্রকল্পকে বাস্তবায়িত করতে হলে উপযুক্ত পরিকাঠামাের প্রয়ােজন।

(৩) শিক্ষা প্রতিষ্ঠান বৃদ্ধি : শিক্ষার্থীদের সংখ্যা বৃদ্ধির সঙ্গে সমতা রেখে প্রাথমিক ও মাধ্যমিক প্রতিষ্ঠানের সংখ্যা বাড়ানাে দরকার।

(৪) শিক্ষক সংগঠনকে যুক্ত করা : প্রকল্পের বিভিন্ন স্তরে কমিটিগুলিতে শিক্ষক প্রতিনিধিদের যুক্ত করতে হবে।

(৫) বিদ্যালয়ে না আসার কারণ নির্ণয় : যেসব ছেলেমেয়েরা বিদ্যালয়ে আসছে না তার কারণ খুঁজে বের করা ও সমাধানের চেষ্টা করা।

(৬) স্থায়ী শিক্ষক নিয়ােগ : বিদ্যালয়ে চুক্তিভিত্তিক শিক্ষক না নিয়ে নিয়মিত শিক্ষক নিয়ােগ করার ব্যবস্থা করতে হবে। 

(৭) অভিভাবকদের গুরুত্ব : ছাত্রছাত্রীদের পারদর্শিতা, তাদের পড়াশােনা ইত্যাদি সম্পর্কিত বিভিন্ন বিষয় বােঝাতে প্রয়ােজনে অভিভাবকদের আসতে হবে। 

(৮) পর্যাপ্ত সংখ্যক বিদ্যালয় : বিদ্যালয়ের সংখ্যা বাড়াতে হবে যাতে ছাত্র ছাত্রীদের শিক্ষা লাভে কোনো রকম অসুবিধা না হয়। 

সর্বশিক্ষা অভিযান সংক্রান্ত এইসকল সমস্যা দূর করতে তার সমাধানের পথ যত সুগম হবে ততই সাক্ষরতার প্রসার ঘটবে।