অন্যান্য শিক্ষাব্যবস্থার মতাে ইসলামীয় শিক্ষার ক্ষেত্রেও সুবিধার পাশাপাশি কিছু অসুবিধাও ছিল। সেগুলি হল一

(১) সর্বজনীনতার অভাব: এই শিক্ষা প্রকৃত অর্থে সর্বজনীন ছিল না।

(২) হিন্দুদের অবহেলা: হিন্দুরা বেশিরভাগ ক্ষেত্রেই এই শিক্ষায় অবহেলিত হত।

(৩) মাতৃভাষার অবহেলা: ইসলামীয় শিক্ষায় মাতৃভাষার ওপর গুরুত্ব দেওয়া হত না।

(৪) নারীশিক্ষার অবহেলা: নারীশিক্ষাও এই শিক্ষাব্যবস্থায় অনেকাংশে অবহেলিত ছিল।

(৫) অনুপযুক্ত পাঠক্রম: ইসলামীয় পাঠক্রম যুগােপযােগী ছিল না।

(৬) শিক্ষকের তদারকির অভাব: এ যুগে শিক্ষার্থীদের ওপর শিক্ষক ব্যক্তিগতভাবে খুব একটা নজর দিতেন না।

(৭) মনােবৈজ্ঞানিক দৃষ্টিভঙ্গির অভাব: মুসলিম শিক্ষায় মনােবৈজ্ঞানিক দৃষ্টিভঙ্গির অভাব ছিল।

(৮) দৈহিক শাস্তি প্রদানের ব্যবস্থা: এই শিক্ষায় দৈহিক শাস্তি প্রদানের ব্যবস্থা ছিল, যা কাম্য নয়।

(৯) লেখাপড়ায় সমন্বয়ের অভাব: লেখার সঙ্গে পড়ার সঠিক সমন্বয়সাধনের ব্যবস্থা ইসলামীয় শিক্ষায় ছিল না।

(১০) বিশ্ববিদ্যালয়ের অভাব: এ যুগে বিশ্ববিদ্যালয় স্তরের শিক্ষাপ্রতিষ্ঠানের অভাব ছিল।

(১১) সর্বাঙ্গীণ বিকাশে অবহেলী: ইসলামীয় শিক্ষায় শিক্ষার্থীদের সর্বাঙ্গীণ বিকাশের প্রতি ঠিকমতাে নজর দেওয়া হত না।

(১২) মৌখিক পদ্ধতির উপযোগিতার অভাব: ইসলামীয় শিক্ষাব্যবস্থায় জ্ঞানবিকাশের ক্ষেত্রে মৌখিক পদ্ধতি সবক্ষেত্রে উপযােগী হত না।