পানির সাথে ক্লোরিন ধীরে ধীরে বিক্রিয়া করে HCl ও HClO উৎপন্ন করে। এক্ষেত্রে পানির সাথে ক্লোরিনের বিক্রিয়ায় দুটি ক্লোরিন পরমাণু একইসঙ্গে জারিত ও বিজারিত হয়। HClO সহজেই বিয়োজিত হয়ে জায়মান অক্সিজেন উৎপন্ন করে। যা জীবানুকে ধ্বংস করে। তাই ক্লোরিন পানি একটি শক্তিশালী জীবাণুনাশক পদার্থ। 

Cl₂ + H₂O —-> HCl + HClO

HClO ——> HCl + [O]

[O] + জীবাণু —-> মৃতজীবাণু

এছাড়াও ক্লোরিন পানি বিরঞ্জক হিসেবেও ব্যবহার করা হয়।