অণু ও পরমাণুর মধ্যে পার্থক্য নিম্নরূপঃ 

১. মৌলিক পদার্থের বৈশিষ্ট্য রক্ষাকারী ক্ষুদ্রতম কণাকে পরমাণু বলে। 

অপরদিকে, যৌগিক পদার্থের বৈশিষ্ট্য রক্ষাকারী ক্ষুদ্রতম কণাকে অণু বলে।

২. পরমাণুর স্বাধীন কোন অস্তিত্ব নেই। 

কিন্তু, অণুর স্বাধীন অস্তিত্ব আছে। 

৩. পরমাণুসমূহ রাসায়নিক বিক্রিয়ায় অংশগ্রহণ করে। 

কিন্তু, অণু পরমানুতে বিশ্লিষ্ট না হলে রাসায়নিক বিক্রিয়ায় অংশগ্রহণ করতে পারে না। 

৪. পরমাণু বিভাজনের মাধ্যমে ইলেকট্রন, প্রোটন ও নিউট্রন পাওয়া যায়। 

কিন্তু, অণুকে বিভাজিত করলে পরমাণু পাওয়া যায়। 

৫. প্রত্যেক মৌল একাধিক পরমাণুর দ্বারা গঠিত। 

অপরদিকে, প্রত্যেক যৌগ একাধিক অণু দ্বারা গঠিত।