ম্যাক্রো অ্যানালিটিক্যাল পদ্ধতির অসুবিধা গুলি নিম্নরূপঃ

১. এ পদ্ধতিতে ব্যবহৃত যন্ত্রপাতির আকার বড় হওয়ায় তা ব্যয়বহুল। 

২. ম্যাক্রো অ্যানালিটিক্যাল পদ্ধতিতে নমুনার পরিমাণ অধিক প্রয়োজন হয় বলে এ বিশ্লেষণ পদ্ধতি ব্যয়বহুল। 

৩. এই পদ্ধতিতে অধিক পরিমাণ রাসায়নিক বর্জ্য উৎপন্ন হয়। ফলে অধিক পরিবেশ দূষিত হয়।

৪. এ পদ্ধতিটি সময় সাপেক্ষ।

৫. বর্জ সংরক্ষণও পরিত্যাগে জটিলতা সৃষ্টি হয়।