মাইক্রো বিশ্লেষণ পদ্ধতির অসুবিধা গুলি নিম্নরূপঃ

১. এ পদ্ধতিতে ব্যবহৃত যন্ত্রপাতি বেশ দামী।

২. যন্ত্রপাতির আকার ছোট হওয়ায় এগুলো ব্যবহারে বেশ অসুবিধার সৃষ্টি হয়।

৩. অল্প পরিমাণ নমুনা ওজন ও পরিমাণে সূক্ষ্মতা নির্ণয় করা বেশ কষ্টকর।

৪. যন্ত্রপাতি রক্ষণাবেক্ষণ ও পরিচালনায় দক্ষ প্রশিক্ষকের প্রয়োজন হয়।

৫. এই পদ্ধতিটি শিক্ষার্থীদের শিখন কাজে ব্যবহার করা যায় না। কেবলমাত্র উচ্চতর গবেষনায় এই পদ্ধতি উপযোগী।