আয়ন ও পরমাণুর মধ্যে পার্থক্য নিম্নরূপঃ

১. ধনাত্মক ও ঋণাত্মক আধান বিশিষ্ট পরমাণু বা যৌগমূলককে আয়ন বলে।

কিন্তু মৌলিক পদার্থের ক্ষুদ্রতম কণাকে পরমাণু বলে।
২. একটি আয়ন দেখে বোঝা যায় ঐ মৌলের পরমাণুটি ধনাত্মক বা ঋণাত্মক আধান বিশিষ্ট কিনা। যেমনঃ Cl –  দ্বারা বোঝা যায় ক্লোরিন পরমাণুর ঋণাত্মক চার্জযুক্ত।
অপরদিকে প্রত্যেক মৌলের প্রতীক দ্বারা মৌলের পরমাণুকে বোঝানো হয়। যেমনঃ Cl দ্বারা ক্লোরিনের পরমাণুকে বোঝায়।

৩. আয়নসমূহ ইলেকট্রন গ্রহণ বা বর্জন করে চার্জ নিরপেক্ষ পরমাণুতে পরিণত হয়।

কিন্তু মৌলের পরমাণুসমূহ ইলেকট্রন গ্রহণ বা ত্যাগ করে ধনাত্মক বা ঋণাত্মক আয়নে পরিণত হয়।